Jedna z najstarszych miejscowości Wileńszczyzny (70 km na południe od Wilna) przy "gościńcu raduńskim", - szlaku handlowym prowadzącym z Wilna do Krakowa.

Według kronik litewskich w XI wieku Erdziwiłł, syn Montwiły, jeden z książąt litewskich, odzyskawszy od książąt ruskich pograniczne powiaty litewskie, rozdzielił je pomiędzy swoich wodzów. Jednemu z nich Eixisowi (Eisziusowi), rodem ze Żmudzi nadał (ok. 1070) znaczną posiadłość w okolicach Lidy, która została nazwana od jego imienia.

Tu powstała (1399) jedna z pierwszych parafii katolickich na Wileńszczyźnie.

Z połączenia dwóch osobnych wcześniej miejscowości na obydwu brzegach rzeki powstała jedna miejscowość.

Ejszyszki, herb miasta

Za panowania króla Jana III Sobieskiego Ejszyszki otrzymały magdeburskie prawa miejskie i herb. Zasłynęły wówczas jarmarkami na Wniebowstąpienie Pańskie, które odbywały się od 1672 roku.

W III rozbiorze Rzeczypospolitej Ejszyszki zagrabiła (1795) Rosja.

Ponad kilometr od kościoła, przy szosie do Solecznik zachowalo się średniowieczne grodzisko. Znajdują sie tam resztki budynków telegrafu optycznego Petersburg- Warszawa z pierwszej połowy XIX wieku.

W XIX wieku miasteczko liczące ponad 700 mieszkańców (1866) 3,2 tys. (1897) zostało całkowicie zdominowane przez ludność żydowską. Okoliczna szlachta na targach sprzedawała trzodę chlewną i konie. W okolicy mieszkali Żydzi, Polacy, Litwini oraz Tatarzy.

Po krótkim okresie niepodległości w II Rzeczypospolitej miasto zajęli Sowieci, następnie Litwini (1939-40), ponownie Sowieci (1940-41), 1944-91) i Niemcy (1941-44)

We wrzesniu 1941 roku Niemcy zamordowali tu około 4 tysięcy Żydów.

W nocy z 19 na 20 października 1944 r. oddział Armii Krajowej zaatakował Ejszyszki poszukując oficera "Smierszu" - sowieckiego kontrwywiadu i w celu przejęcia jego archiwum i pieczęci nowych władz sowieckich. Osobiście odpowiedzialnych za terror, miano rozstrzelać. Była to odpowiedź Polaków na sowiecki terror w Ejszyszkach wkrótce po zajęciu tej miejscowości przez armię czerwoną.

Podobnie jak na całej Wileńszczyźnie, w okolicach Ejszyszek w latach 1944-1945 NKWD aresztowało kilka tysięcy, a zabiło kilkuset polskich chrześcijan. Kapitan "Smiersza" wraz z sierżantem i miejscowym milicjantem NKWD miał kwaterę w jednym z domów. Gospodarz domu, Mosze Sonenson, który służył w tak zwanych "istrebitielnych" batalionach, pomocniczych oddziałach NKWD, był w domu w czasie walki, ale uszedł cało.

Podczas walki zginęło 2 Sowietów, w tym kapitan "Smiersza". Przypadkowo zostali zabici obecni w domu Cipora i Chaim Sonensonowie - matka z malutkim dzieckiem.

Wkrótce po bitwie NKWD opanowało miasteczko. Sowieci rozstrzelali kilku Polaków i uwięzili ok. pięćdziesięciu osób, z których większość została uwolniona przez żołnierzy AK w czasie nocnego ataku w nocy z 6 na 7 grudnia 1944 roku. Wkrótce Sowieci na nowo sterroryzowali Ejszyszki.

Wydarzenia te stały się tematem książki Jaffy Eliach, dyrektor Muzeum Holocaustu w Waszyngtonie, "There Once Was a World: A 900-year Chronicle of the Shtetl of Eishyshok" ("Był sobie świat: kronika 900 lat miasteczka Ejszyszki"), w której autorka opisuje tragiczne przejścia swojej rodziny podczas bitwy między oddziałem Armii Krajowej i NKWD.

W prowadzonym przez nią muzeum w Waszyngtonie tragedii w Ejszyszkach poświęcono osobny dział, przedstawiając ją jako "antysemicki pogrom".

Po okupacji niemieckiej (1941-44) i sowieckiej (1940-41, 1944-91) Ejszyszki od 1991 roku znajdują się w granicach niepodległej Litwy. Położone są tuż przy obecnej granicy litewsko-białoruskiej, 33 kilometry od rejonowych (powiatowych) Sołecznik. Ejszyszki status miasta rejonowego utraciły w 1975 roku. Miejscowość zamieszkuje ok. 5 tysięcy osób, w tym 95% Polaków.

3 kilometry od Ejszyszek, w Gornostajiszkach znajduje się dawny pałac Sekluckich. Parterowy budynek został wybudowany na początku XIX wieku. Obok zabytkowe oficyny, młyn wodny, spichlerz, brama wiodąca do majątku.